Ngày 20 tháng 7 năm 2009, mặc dù ông Trần Văn Thanh bị tai biến và có hai bệnh viện của công an xác nhận là tướng Thanh không đủ sức khỏe để dự phiên tòa, thế nhưng vị thiếu tướng công an vẫn bị đưa đến tòa, tổ chức tại Nhà hát Trưng Vương, trên xe cứu thương trong tình trạng hôn mê, thở oxy và phải truyền dịch, để kiểm tra sức khỏe trước khi đưa ra tòa,[1] - một việc mà Tiến sĩ Luật học Cù Huy Hà Vũ cho là "hành động vô cùng tàn bạo và man rợ, một phiên tòa chưa từng có trong lịch sử thế giới".[3] Tuy nhiên theo Vụ trưởng Vụ Thông tin Báo chí Văn phòng Chính phủ Dương Đức Quảng, đây là kịch bản được dàn dựng để triệt hạ uy tín ông Nguyễn Bá Thanh:[4] "Cụ thể ông Trần Văn Thanh đã được một cô bác sĩ tiêm thuốc gây mê, cho thở oxy và truyền dịch rồi cùng một vài người mượn một chiếc xe cấp cứu của Bệnh viện Đà Nẵng để đưa ông Thanh trong tình trạng cấp cứu đến bên ngoài nơi xét xử để chụp ảnh rồi đưa tin trên báo, chứ không có chuyện lãnh đạo thành phố chỉ đạo phải đưa ông Trần Văn Thanh trong tình trạng sức khỏe như thế lại phải ra tòa".

Tại phiên tòa sơ thẩm ngày 7 tháng 8 năm 2009, Luật sư Phạm Hồng Hải phản đối việc ông Nguyễn Thành đã đề nghị các cơ quan điều tra khởi tố tướng Trần Văn Thanh, nay chính ông Nguyễn Thành lại ngồi vào ghế chủ tọa thì "không khác nào vừa đá bóng vừa thổi còi", thế nhưng ông Nguyễn Thành không chấp thuận các đề nghị trên của các luật sư vì "không có căn cứ, cơ sở".[5] Tòa án Đà Nẵng đã xử vắng mặt ông Trần Văn Thanh 18 tháng tù treo, các ông Nguyễn Phi Duy Linh bị phạt 36 tháng tù, Đinh Công Sắt 12 tháng tù treo, riêng ông Dương Ngọc Tiến 17 tháng 5 ngày tù, ngang với thời gian bị tạm giam nên được trả tự do ngay tại tòa. Theo Bản án hình sự sơ thẩm số 16/2009/HSST thì các bị cáo đã "lợi dụng quyền tự do báo chí để viết bài không đúng sự thật về tình hình Đà Nẵng nhằm gây ảnh hưởng xấu đến uy tín của cán bộ lãnh đạo cũng như chính quyền thành phố Đà Nẵng". Tuy nhiên "cán bộ lãnh đạo của Đà Nẵng" bị ảnh hưởng uy tín, bị tố cáo sai sự thật chính xác là ai thì không được nhắc đến.[1][6]